Die gesetzlichen Krankenkassen übernehmen die Kosten einer HIFU-Behandlung, die einem deutschen Krankenhaus stattfindet. Die Abrechnung erfolgt über die sogenannten DRG-Ziffern M09A oder M09B. Auch die meisten privaten deutschen Krankenversicherungen übernehmen die Kosten anstandslos.
In Österreich und der Schweiz empfiehlt es sich, vor einer HIFU-Behandlung Kontakt mit der eigenen Krankenkasse aufzunehmen, um die Kostenübernahme abzuklären.